В 1826 году братья Бернардацци Джованни-Баттиста и Джузеппе-Марко выбрали место за городом, в непосредственной близости от кладбища и составили проект будущей церкви в честь Праведного Лазаря, епископа Китейского; по другой версии храм посвящён не святителю, а событию Лазаревой субботы.
В 1828 году архимандрит Товия совершил молебен по случаю закладки церкви. Первый камень положил генерал Эммануель, командующий Кавказской линией.
В 1856 году строительство храма, освященного во имя Лазаря, было закончено.
В 1884 году из-за плохого грунта здание храма дало трещину, и его пришлось разобрать.
В 1895 году заново началось строительство Лазаревской церкви, контроль за строительством которой осуществлял городской архитектор Василий Васильевич Графф. Он же был и автором проекта. Был залит фундамент.
В 1902 году храм был построен заново.
17 октября 1903 года состоялось освящение храма.
6 мая 2000 года в храме был торжественно освящён новый придел в честь святителя Игнатия (Брянчанинова).
Около церкви в Некрополе находится первое захоронение Лермонтова Михаила Юрьевича.